posixcompat: properly handle PTHREAD_MUTEX_RECURSIVE and BF thread id assignment.

Signed-off-by: Simon Gerber <simon.gerber@inf.ethz.ch>

posixcompat: fixed pthread_mutex_lock to work with nested calls.

Signed-off-by: Simon Gerber <simon.gerber@inf.ethz.ch>

libterm: blocking client: tell user how much we've written

This fixes the fish issue mentioned in T63, but not the AIM issue.

Signed-off-by: Simon Gerber <simon.gerber@inf.ethz.ch>

Fix compilation of e10k.

spawnd: reorganized code to eliminate duplicate get_core_id() call.

Signed-off-by: Simon Gerber <simon.gerber@inf.ethz.ch>

harness: Added extra PASS/FAIL output line in non-debug mode.

Signed-off-by: Simon Gerber <simon.gerber@inf.ethz.ch>

spawnd: clarify "up" message with core id.

Signed-off-by: Simon Gerber <simon.gerber@inf.ethz.ch>

monitor: change debug_printf in delete_steps_init() to DEBUG_CAPOPS.

Signed-off-by: Simon Gerber <simon.gerber@inf.ethz.ch>

posixcompat: added stubs for fchown,fchmod,mmap,munmap.

Also fixed stat() to be able to get function pointer to it.

Signed-off-by: Simon Gerber <simon.gerber@inf.ethz.ch>

x86_64: added more descriptive error message in generic_handle_user_exception.

Signed-off-by: Simon Gerber <simon.gerber@inf.ethz.ch>

Added C++ test that includes barrelfish/barrelfish.h

This gives us minimum coverage of the public header files compiling
against C++.

Signed-off-by: Simon Gerber <simon.gerber@inf.ethz.ch>

Rename struct slab_alloc to struct slab_allocator.

We have a function with the following signature:

  void *slab_alloc(struct slab_alloc *);

which produces the following error message with g++:

  error: ‘void* slab_alloc(slab_alloc*)’ hides constructor for ‘struct
  slab_alloc’ [-Werror=shadow]

The two easy ways out are 1) renaming the function or 2) renaming the struct.
For clarity (and consistency with malloc and co) I've chosen to rename the
struct to "struct slab_allocator".

Signed-off-by: Simon Gerber <simon.gerber@inf.ethz.ch>

Make include/barrelfish/ump_impl.h compile for C++.

Signed-off-by: Simon Gerber <simon.gerber@inf.ethz.ch>

Removed submodules.

copy-on-write example: added actual copying of frame contents + improved output.

Signed-off-by: Simon Gerber <simon.gerber@inf.ethz.ch>

gem5: fixed booting non-bsp cores.

Signed-off-by: Simon Gerber <simon.gerber@inf.ethz.ch>

added a description of the sign-off procedure

Merge branch 'master' of ssh://code.systems.ethz.ch:8006/diffusion/BFI/barrelfish

Document version, usage and modifications for external libraries

Note to others: please help adding and maintaining these notes.  These
are tremendously helpful when comparing against and merging in changes
from new releases.  As a user it also helps to be aware of Barrelfish-
specific quirks.

Added copy-on-write example program.

libbarrelfish: memobj: add optional frame offset to anonymous memobjs.

x86_64: dynamically compute where kernel VA starts when dumping ptables.

cap_delete_last: Handle LMP buffer overflow more gracefully.

Merge branch 'master' of ssh://code.systems.ethz.ch:8006/diffusion/BFI/barrelfish

libbarrelfish: cleanup of code for Xeon Phi

removed duplicated code in source files for the K1OM architecture
and merged it with the x86_64 code.

Conflicts:
lib/barrelfish/target/k1om/pmap_target.c

disablibg debug for NUMA

adding nospawn flag to the lua settigns file

bugfix in the mapping of the numa memobj

libdma: adding memset support

extending the DMA library to support memset transfers for the
Intel IOAT DMA device.

libdma: bugfixes to avoid NULL pointer dereferencing.

BOMP: bugfix to match the new lock types

Merge commit '68aa7c3'

Conflicts:
hake/RuleDefs.hs

fix syntax error in graphviz files. seems like more recent versions are more picky than before

fix syntax error in graphviz files. seems like more recent versions are more picky than before

adding errstring to printf when ldt init fails.

libskb: adding a check to avoid re-initialization of skb binding

libbomp2: initial commit of the new OMP library

replaced thread_creates() with message only work distribution
use of NUMA functions to determine system architecture.

libnuma: adding new error numbers

libnuma: implementing bitmap functions

Implemented libnuma's numa_bitmask functions using the functionality
supplied by libbitmap.

renamed bitmap.c into numa_bitmap.c as this caused linking problems.

libbitmap: adding a generic bitmap library

Bugfix in hake: dealing with flags for C/C++ compilers

adding handling of core number to greenmarl test

writing explicit targets for greenmarl files

removing resource join calls in bomb init

[clang] Fixes for the clang compiler.

adding lua settings file to menu.lst of test

fixed missing include in libnuma/alloc.c

posixcompat: fixed pthread_key destructor calls

The deletion path was previously missing completely and POSIX requires the
implementation to set the key pointer to NULL before calling the destructor
function.

What is still missing is the repeated destructor calls if values become
non-NULL (i.e. PTHREAD_DESTRUCTOR_ITERATIONS).  Further, this module is missing
a number of corner cases and NULL checks.  It may be better to just import the
corresponding code from elsewhere:
    http://git.musl-libc.org/cgit/musl/tree/src/thread/pthread_key_create.c
    https://github.com/freebsd/freebsd/blob/master/lib/libthr/thread/thr_spec.c

Test Plan:
Rust uses these in the test suite to collect output (by overriding
stdout/stderr).  That would segfault but now runs through fine.

Differential Revision: https://code.systems.ethz.ch/D10

posixcompat: fix NULL pointer dereference in pthread_join

event queue: document unsafety for cross-core messaging.

Test Plan: N/A

Differential Revision: https://code.systems.ethz.ch/D7

event queue: fix typo and potential race condition.

Boolean condition was negated so event runner did not re-register to the
underlying channel. This meant that in continuous mode only the first node
would be delivered and the remainder would wait indefinitely.

Also fixes a potential race condition between event_queue_trigger and
event_queue_cancel on the 'run' field.

(Note: in the interim this was already fixed in 81e3710f9f55 so this is only a
partial patch.)

Remove <nodeputy.h> from default flags

Summary:
Deputy annotations [1] can be used to label safety properties.  They are
used extensively in the kernel, but in user-space there is only one use.
The macros have short names (like 'COUNT', 'SAFE') which can conflict
when building other applications.  Furthermore, these are not being
checked and are just stripped during the build.

Note: the change to <kernel.h> is needed because it is included from a
generated file:
  build-x86_64/capabilities/cap_predicates.c

[1] http://ivy.cs.berkeley.edu/ivywiki/uploads/deputy-manual.html

Test Plan: `make clean && make` was successful

Differential Revision: https://code.systems.ethz.ch/D6

libnuma: changes in type defs and macros

* moved definition of nodeid_t into types.h
* changed printf specifies to use PRIuNODEID
* changes in debug macros to take arguments
* additional sanity checks for core/node ids

updated harness to use the new done string

changes in format of numa debug statements

libnuma: adding check macros

libnuma: removed unnecessary printfs when getting skb information.

fixed interface change in numatest

SKB queries to get topology information if affinities are present

acpi: bugfix telling SKB the number is in hex

libnuma: setting the numa topology structure and the functionality to dump the topology

Change USB code to use barrelfish_usleep provided by lib_usb_wait instead of USB_WAIT macro

SKB: Adding of new queries for obtaining NUMA info

The SKB was extended with a new function to obtain information
about the system (topology) of NUMA nodes, cores and memory
used by libnuma.

The functions are not fully implemented at this stage.

Merge remote-tracking branch 'origin/master' into shoal

Adding of missing architecture specific functions for the K1OM.

Conflicts:
kernel/arch/x86_64/syscall.c
usr/drivers/cpuboot/x86boot.c
usr/fish/fish_arm.c
usr/fish/fish_common.c

libnuma: testdomain and partial implementation

initial commit of lib/numa with function stubs for the interface functions
adding implementations of some interface functions of libnuma

adding of tests/numatest domain to check libnuma

symbolic target: bugfix for GM targets with multiple architectures

adding babybel to the special PCI cases.

libposix compat: fixed missing flounder Defs

libnuma: adding interface specification numa.h

adding the a ported version of libnuma's header to the include directory

Specified NUMA_ERR related error codes in errno.fugu

green-marl: fixed test script of scale bench

harness: adding tests for greenmarl

adding paralellism support for GM compiler

Fixed shoal and Green Marl path in symbolic_targets

updated submodule revisions

bugfix in symbolic_targets for submodules

bugfix: unused variable warning when disabling checking frame size

removing printf in libbomp

libbarrelfish: adding new memobj type

new memobj type for memory distribution among NUMA nodes.

Defaults to gitignore.

ARMv5: Make sure menu.lst.modules is always in base of CPIO archive.

Fix the USB code that was destroying my shell.

Writing random ASCII character in general is not a good idea.
Now I write a space/backspace combination which at least does
not set my shell to 'garbage output mode'.
The whole thing is suboptimal as we don't want USB set-up code
in the kernel and we don't want to do waiting using printf.
We should really re-write those wait functions to use deferred events...

Move code out of header file.

Remove unneeded file (armv5 syscall uses arm/syscall.c)

Remove unused variable warning on armv5.

Kaluga added stubs for gem5.

Update gitignore.

Added binary perfix for corectrl.

Make sure test programs compile again.

Make sure test programs compile again.

Remove unused code.

Include Haskell object files in gitignore.

Remove unnecessary argument in build_multiboot.c.

Add BF_BINARY_PREFIX define to configure binary path by build system.

Fix syntax error in Hakefile.

Compile bfscope for armv5 and exvlude bench for armv5.

RCCE make sure it compiles again.

Make sure replay/slave.c compiles again.

Some armv5 related fixes.

Make sure we don't compile pandaboard usb code in gem5.

Remove unused armv5 files that do not compile.

Remove dvipd from hyperref.